鉴定新型药物靶标相互作用(DTI)是药物发现中的关键和速率限制步骤。虽然已经提出了深入学习模型来加速识别过程,但我们表明最先进的模型无法概括到新颖(即,从未见过的)结构上。我们首先揭示负责此缺点的机制,展示模型如何依赖于利用蛋白质 - 配体二分网络拓扑的捷径,而不是学习节点特征。然后,我们介绍AI-BIND,这是一个与无监督的预训练的基于网络的采样策略相结合的管道,使我们能够限制注释不平衡并改善新型蛋白质和配体的结合预测。我们通过预测具有结合亲和力的药物和天然化合物对SARS-COV-2病毒蛋白和相关的人蛋白质来说明Ai-reat的值。我们还通过自动扩展模拟和与最近的实验证据进行比较来验证这些预测。总体而言,AI-Bind提供了一种强大的高通量方法来识别药物目标组合,具有成为药物发现中强大工具的可能性。
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